Dans un Tokyo apocalyptique à la veille du 21e siècle, deux clans puissants s’affrontent pour le contrôle du destin de la Terre : les Dragons du Ciel, chargés de protéger l’humanité, et les Dragons de la Terre, déterminés à purifier le monde par la destruction. Au centre de ce conflit, Kamui Shirō, un jeune homme au passé mystérieux, doit choisir son camp et affronter son propre destin dans un combat qui décidera du futur de la planète. Entre prophéties, batailles surnaturelles et dilemmes moraux, X1999 explore la dualité du bien et du mal, de la destinée et du libre arbitre.
